Отказ в разрешении строительства жилого дома из-за приаэродромной подзо - как решить ситуацию и почему Росреестр не уведомил ограничения в выписке?

Конкретно ответить без документов никто не сможет. Границы приаэродромной территории и подзон можно увидеть на сайте Росавиации, включая перечень участков, попавших в соответствующую подзону.

Почему в Росреестре сведения не отражены сказать сложно, поскольку приказ об установлении приаэродромной территории им должен быть направлен.

Может Вам поможет следующее:

В соответствии с подпунктом 5 пункта 7 статьи 4 Федерального закона от 01.07.2017 № 135-Ф 3 "О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части совершенствования порядка установления и использования приаэродромной территории и санитарно-защитной зоны", ограничения использования земельных участков и (или) расположенных на них объектов недвижимости и осуществления экономической и иной деятельности, установленные в седьмой подзоне приаэродромной территории при установлении приаэродромных территорий в порядке, предусмотренном Воздушным кодексом РФ (в редакции настоящего Федерального закона), не применяются в отношении земельных участков и (или) расположенных на них объектов недвижимости, права на которые возникли у граждан или

юридических лиц до дня вступления в силу настоящего Федерального закона.

Но если у продавца права возникли до вступления в силу закона то у Вас после, и как это расценит суд, в случае оспаривания отказа, сложно сказать.

Либо признавать недействительной сделку купли-продажи.