Как понять формулировку за исключением случаев предусмотренных в ипотечном договоре и возможно ли избавиться от нее?

Что вам не понятно? Как я понимаю, вы работаете в Сбербанке или в его дочерним зависимом обществе, поэтому при заключении ипотечного договора Сбербанк вам предоставляет льготную процентную ставку по договору, что скорее всего закреплено в коллективном договоре. В случае увольнения из этой организации, за исключением сокращения штата, поступления в образовательное учреждение, выхода на пенсию, инвалидности, бывший работник становится таким же как все иные не сотрудники банка, поэтому у него меняется процентная ставка.

Данный пункт вы никак не уберете, т.к. с этим не будет согласен банк, и соответственно договор не будет подписан.