Спор о договоре - разногласия по авансу и неустойке

В договоре содержались условия о 50%-м авансе, который заказчик должен перечислить через 3 недели после начала выполнения работ. За просрочку авансовой оплаты устанавливалась неустойка в размере 1% за каждый день просрочки платежа. Заказчик, согласившись с необходимостью платить аванс, составил к договору протокол разногласий, где указал размер авансового платежа - 30%, установил срок оплаты аванса - через 1 месяц после начала выполнения работ и исключил ответственность за просрочку авансовых выплат, ссылаясь на их высокий размер. Другие условия договора заказчик принял без возражений. Рассмотрев протокол разногласий, подрядчик принял предложения заказчика по размеру аванса и сроку его платежа, но не согласился с исключением ответственности за просрочку перечисления аванса, оформил лист согласования разногласий и письмом предложил обсудить размер неустойки. В ответ на это заказчик сообщил подрядчику, что в связи с тем, что по существенным условиям договора они не спорят, подрядчик может приступить к работам, чтобы уложиться в срок, а спорные вопросы они урегулируют в рабочем порядке. Подрядчик к работам не приступил, и тогда заказчик предъявил в суд исковое заявление с требованием о присуждении к исполнению обязанностей подрядчика в натуре. Как решить спор?