Я самозанятый - переводить ли мой участок под коммерческую деятельность?

По сути вы занимаетесь производством. Как самозанятый (физическое лицо) вы пользуетесь налоговой льготой только на осуществление данной деятельности. Во избежании нарушения Ст. 8.8 КоАП РФ (Использование земельных участков не по целевому назначению, невыполнение обязанностей по приведению земель в состояние, пригодное для использования по целевому назначению. (в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 46-ФЗ), свою деятельность вы обязаны осуществлять в помещениях и на территориях, попадающих под данный вид деятельности. Если ваш участок и помещения на нём не зарегистрированы как коммерческая недвижимость, законная производственная деятельность на нём будет невозможна.