Можно ли отказаться от ввк, если рапорт прошёл все инстанции.

На основании указанного полагаю, что можно.

Приказ Министра обороны РФ от 30 октября 2015 г. N 660

"О мерах по реализации правовых актов по вопросам организации прохождения военной службы по контракту в Вооруженных Силах Российской Федерации"

28.Командир (начальник) воинской части:

а) за шесть месяцев до достижения военнослужащим предельного возраста пребывания на военной службе или окончания соответствующего контракта:

уточняет у военнослужащего вопрос заключения им нового контракта, учитывая наличие необходимой выслуги лет для назначения пенсии за выслугу лет, состояние здоровья, обеспеченность жилым помещением по установленным нормам;

обеспечивает направление личного дела военнослужащего, подлежащего увольнению, в соответствующий орган, уполномоченный осуществлять подсчет выслуги лет на пенсию;

направляет военнослужащего (по его желанию) на медицинское освидетельствование в соответствующую военно-врачебную комиссию (далее - ВВК);

предоставляет военнослужащему ежегодный основной отпуск и дополнительные (если таковые имеются) отпуска соответствующей продолжительности, а также дополнительные сутки отдыха за исполнение обязанностей военной службы в рабочие дни сверх установленной продолжительности еженедельного служебного времени (привлечение к исполнению обязанностей военной службы в выходные и праздничные дни) с расчетом их завершения ко времени издания приказа по личному составу об увольнении военнослужащего с военной службы;