Как решить проблему с отсутствующим учредителем ООО и сохранить бизнес без убытков?

Достаточно долгий процесс с учетом того, что Вы 12 лет на это закрывали глаза.

Можно, через суд. Подробности в личном сообщении.

Прочитайте для начала как написано в уставе, а вообще она тогда переходит во владение обществом, то есть стает неголосующей долей, изменения нужно внести в Реестр

Если участник не оплатил свою долю, то в таком случае его доля переходит к самому обществу, Вы можете ее реализовать, закон прямо предусматривает такую возможность.

Федеральный закон от 08.02.1998 N 14-ФЗ (ред. от 03.07.2016) «Об обществах с ограниченной ответственностью»Статья 16. Порядок оплаты долей в уставном капитале общества при его учреждении

1. Каждый учредитель общества должен оплатить полностью свою долю в уставном капитале общества в течение срока, который определен договором об учреждении общества или в случае учреждения общества одним лицом решением об учреждении общества. Срок такой оплаты не может превышать четыре месяца с момента государственной регистрации общества. При этом доля каждого учредителя общества может быть оплачена по цене не ниже ее номинальной стоимости.

Не допускается освобождение учредителя общества от обязанности оплатить долю в уставном капитале общества.

3. В случае неполной оплаты доли в уставном капитале общества в течение срока, определяемого в соответствии с пунктом 1 настоящей статьи, неоплаченная часть доли переходит к обществу. Такая часть доли должна быть реализована обществом в порядке и в сроки, которые установлены статьей 24 настоящего Федерального закона.

Договором об учреждении общества может быть предусмотрено взыскание неустойки (штрафа, пени) за неисполнение обязанности по оплате долей в уставном капитале общества.

Доля учредителя общества, если иное не предусмотрено уставом общества, предоставляет право голоса только в пределах оплаченной части принадлежащей ему доли.