Закон остановил ИП, но работодатель продолжает удерживать 50% зарплаты - что делать и вернут ли деньги?

В данном случае не имеет значения прекратили ли вы деятельность в качестве ИП или нет, потому что Физическое лицо отвечает по обязательствам ИП и наоборот.

Правовое обоснование. Гражданский кодекс РФ.

Согласно статьи 24 ГК РФ гражданин отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом, за исключением имущества, на которое в соответствии с законом не может быть обращено взыскание.

Перечень имущества граждан, на которое не может быть обращено взыскание, устанавливается гражданским процессуальным законодательством.

Таким образом гражданин, зарегистрировавшийся индивидуальным предпринимателем без образования юридического лица (ИП сокращенно), отвечает по своим обязательствоам как ГРАЖДАНИН...

ИП окончено с связи с невозможностью установления места нахождения должника и его имущества, в то время как производятся периодические удержания по месту получения дохода должника. Это незаконно. Обратитесь к приставу за отменой постановления: или пусть отменит постановление об окончании ИП, или постановление об удержании задолженности по месту работы.

Вам необходимо, чтобы суммы удержанные учитывались и на эти суммы задолженность уменьшалась. А сейчас у взыскателя будет на руках испол лист с указанной взысканной суммой на дату окончания. В дальнейшем Вам придётся доказывать, что Вы платили, но у пристава не будет этих сведений, Вам придётся предоставлять справки об оплате.

Я так понимаю, нерадивый пристав таким образом снижает остаток своих ИП перед НГ.

Деньги Вам не вернут в связи с незаконным основанием окончания ИП. Скорее всего, пристав отменит постановление об окончании, учтёт платежи, распределит деньги и опять окончит ИП.

Вам следует настоять на получении одного из вышеуказанных мной постановлений.