Могут ли отказать в получении субсидии при повторной проверке из-за различной регистрации в семье?

Нет, имеет значение постоянная регистрация.

Нет не важно.

Если временная регистрация в одном регионе.

Здравствуйте Анна

Как Указано в ст.15 Федерального закона от 27.05.1998 N 76-ФЗ (ред. от 01.07.2021) "О статусе военнослужащих"

Военнослужащим - гражданам, заключившим контракт о прохождении военной службы до 1 января 1998 года и совместно проживающим с ними членам их семей, признанным нуждающимися в жилых помещениях, федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, предоставляются субсидия для приобретения или строительства жилого помещения (далее - жилищная субсидия) либо жилые помещения, находящиеся в федеральной собственности, по выбору указанных граждан в собственность бесплатно или по договору социального найма с указанным федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом по месту военной службы, а при увольнении с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, по состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями при общей продолжительности военной службы 10 лет и более - по избранному месту жительства в соответствии с нормами предоставления площади жилого помещения, предусмотренными статьей 15.1 настоящего Федерального закона

Ваша семья уже была признана нуждающейся и если в рапорте о выплате субсидии вы указали избранное место получения по месту переезда, то факт временной регистрации не отразится на получение субсидии, главное проживать вместе

Нет, не повлияет, самое главное это основная регистрация чтобы вам учли дополнительные метры при получении субсидии а она у вас одна я имею ввиду постоянная регистрация, поэтому не волнуйтесь

ст.15 Федерального закона от 27.05.1998 N 76-ФЗ (ред. от 01.07.2021) "О статусе военнослужащих"