Как решить проблему с аннулированием НДС после покупки товара, если фирма не работает и денег нет?

Есть Определение ВАС РФ от 14.05.2020 № 307-ЭС 19-275597. где как раз и рассматривалась ситуация схожая с Вашей. Третья часть разъяснений ВС РФ касается отказа в вычетах входного НДС из-за того, что продавец не перечислил сумму налога в бюджет. Здесь судьи вывели четкое правило: в подобной ситуации «снять» вычеты у покупателя, реально получившего товар (работу или услугу), можно только в том случае, если доказано, что он знал или должен был знать о недобросовестном поведении продавца.

То обстоятельство, что покупателю должно быть известно о нарушениях, допущенных контрагентом, подтверждается, в первую очередь, фактом их взаимозависимости или аффилированности (подробнее об этом см. «Налоговые риски: можно ли заключать сделки между «своими» фирмами и ИП» и «Долги ООО: когда участникам общества придется лично заплатить за свою фирму»).

же указанная связь между сторонами сделки отсутствует, то во внимание должны приниматься результаты проверки контрагента, проведенной с учетом указанных выше рекомендаций ВС РФ. Другими словами, оценивается, насколько разумно и добросовестно действовал покупатель при заключении конкретного договора (с учетом регулярности и цены сделки, специфики товара и т.д.). И мог ли он при такой проверке в принципе установить факты противоправного поведения продавца: номинальность (т. е. отсутствие реальной деятельности продавца, в связи с чем договор будет фактически выполняться другим лицом), искажение отчетности, вывод денег по фиктивным документам или обналичивание, перевод средств в низконалоговые иностранные юрисдикции и проч.