Отправили отчетность от ООО по электронке, теперь пришло письмо о наложении штрафа - что можно предпринять?

Оспаривайте если нет просрочки.

Думаю, что штраф вы получили по ст. 129.1 НК РФ

1. Неправомерное несообщение (несвоевременное сообщение) лицом сведений, которые в соответствии с настоящим Кодексом это лицо должно сообщить налоговому органу, в том числе непредставление (несвоевременное представление) лицом в налоговый орган предусмотренных пунктом 3 статьи 88 настоящего Кодекса пояснений в случае непредставления в установленный срок уточненной налоговой декларации, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного статьей 126 настоящего Кодекса,

влечет взыскание штрафа в размере 5 000 рублей. Предоставить документы подтверждающие убыток и дать пояснения причин его возникновения.

1. Если требуют пояснения, то надо обязательно давать эти пояснения. Пусть и неказистые или "не по теме", но формально они должны быть.

2. 2019 год славен тем, что у налоговиков бывают самые "экзотические" сбои в компьютерной технике. И вполне возможно, что выставление штрафа ошибочное. Стоит попробовать его отменить, представив доказательства того, что и когда присылали в ответ на требование.

3. Делать сейчас какие-то исправления в то, что посылали, не стоит, может "бумерангом" больно ударить по себе же.