Место подачи иска по договору с юридическим лицом - в Арбитражный суд г. Москвы или по месту нахождения обособленного подразделения?

Статья 25 АПК РФ гласит: Статья 25. Порядок разрешения заявленного отвода

1. В случае заявления отвода арбитражный суд заслушивает мнение лиц, участвующих в деле, а также лица, которому заявлен отвод, если отводимый желает дать объяснения.

2. Вопрос об отводе судьи, рассматривающего дело единолично, разрешается председателем арбитражного суда, заместителем председателя арбитражного суда или председателем судебного состава.

3. Вопрос об отводе судьи при рассмотрении дела в коллегиальном составе разрешается этим же составом суда большинством голосов в отсутствие судьи, которому заявлен отвод. При равном числе голосов, поданных за отвод и против отвода, судья считается отведенным.

Вопрос об отводе, заявленном нескольким судьям или всему рассматривающему дело составу суда, разрешается председателем арбитражного суда, заместителем председателя арбитражного суда или председателем судебного состава.

4. Вопрос об отводе помощника судьи, секретаря судебного заседания, эксперта, специалиста, переводчика разрешается составом суда, рассматривающим дело.

(в ред. Федерального закона от 08.12.2011 N 422-ФЗ)

5. По результатам рассмотрения вопроса о самоотводе или об отводе выносится определение.

В Вашем случае подавать исковое заявление необходимо согласно арбитражной оговорке, плюс регистрация ответчика - г.Москва.

Боятся других регионов не надо. Многие суды проводят заседания с помощью конференц связи.