В каких случаях квартира в новостройке слетает с гарантии?

Если сами умышленно будете наносить ей повреждения, в связи с чем вопрос?

Вот что об этом говорит Закон

Федеральный закон от 30.12.2004 N 214-ФЗ (ред. от 14.03.2022) "Об участии в долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации"

Статья 7. Гарантии качества, предусмотренные договором

7. Застройщик не несет ответственности за недостатки (дефекты) объекта долевого строительства, обнаруженные в течение гарантийного срока, если докажет, что они произошли вследствие нормального износа такого объекта долевого строительства или входящих в его состав элементов отделки, систем инженерно-технического обеспечения, конструктивных элементов, изделий, нарушения требований технических регламентов, градостроительных регламентов, иных обязательных требований к процессу эксплуатации объекта долевого строительства или входящих в его состав элементов отделки, систем инженерно-технического обеспечения, конструктивных элементов, изделий либо вследствие ненадлежащего их ремонта, проведенного самим участником долевого строительства или привлеченными им третьими лицами, а также если недостатки (дефекты) объекта долевого строительства возникли вследствие нарушения предусмотренных предоставленной участнику долевого строительства инструкцией по эксплуатации объекта долевого строительства правил и условий эффективного и безопасного использования объекта долевого строительства, входящих в его состав элементов отделки, систем инженерно-технического обеспечения, конструктивных элементов, изделий.

А что же у вас случилось?

Нет, если вы это сделаете с получением согласия на реконструкцию (перепланировку).