Как рассчитать пеню по договору - по ставке рефинансирования или как в договоре указано?

Чрезмерный размер неустойки может быть снижен судами до двукратной ставки рефинансирования ЦБ РФ, действующей в период нарушения обязательства (Постановление Пленума ВАС РФ от 22.12.2011 № 81 «О некоторых вопросах применения статьи 333 Гражданского кодекса Российской Федерации»).

Все делается в заявительном порядке.

Суд сам ничего делать не будет. Нужно ходатайствовать заявлять и доказывать. Состязательность сторон.

56 гпк рф.

См.

п. 71 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 24.03.2016 N 7 (ред. от 22.06.2021) "О применении судами некоторых положений Гражданского кодекса Российской Федерации об ответственности за нарушение обязательств"

При взыскании неустойки с иных лиц правила статьи 333 ГК РФ могут применяться не только по заявлению должника, но и по инициативе суда, если усматривается очевидная несоразмерность неустойки последствиям нарушения обязательства (пункт 1 статьи 333 ГК РФ). В этом случае суд при рассмотрении дела выносит на обсуждение обстоятельства, свидетельствующие о такой несоразмерности (статья 56 ГПК РФ, статья 65 АПК РФ). При наличии в деле доказательств, подтверждающих явную несоразмерность неустойки последствиям нарушения обязательства, суд уменьшает неустойку по правилам статьи 333 ГК РФ.