Физлицо-собственник не может вывести автобус из реестра, сданного в аренду лецензиату.

Необходимо подтвердить передачу автобуса Вам как собственнику от арендатора, в соответствии с законодательством внести изменение в реестр может только лицензиат, однако можно обратится в орган выдавший лицензию с приложением документов и просьбой исключить автобус из реестра

Постановление Правительства РФ от 07.10.2020 N 1616 (ред. от 23.12.2021) "О лицензировании деятельности по перевозкам пассажиров и иных лиц автобусами" (вместе с "Положением о лицензировании деятельности по перевозкам пассажиров и иных лиц автобусами")

9 (1). Изменения сведений о государственных регистрационных номерах автобусов, в том числе включение в реестр лицензий сведений о государственных регистрационных номерах автобусов, приобретенных для осуществления лицензируемой деятельности после получения лицензии на лицензируемую деятельность, а также исключение из реестра лицензий сведений о государственных регистрационных номерах автобусов, вносятся лицензиатом в реестр лицензий самостоятельно с использованием его личного кабинета на едином портале или путем представления в лицензирующий орган заявления о внесении изменений в реестр лицензий. Если указанные автобусы не являются собственностью лицензиата, а используются им на ином законном основании, при внесении указанных изменений лицензиат направляет в лицензирующий орган в электронном виде копии документов, подтверждающих основание владения этими автобусами.