Сын призывного возраста получил паспорт РФ и имеет паспорт РБ как быть нам с военкомат?

Если ваш сын получил гражданство Российской Федерации и постоянно проживает на территории Российской Федерации, то он должен встать на воинский учёт в военкомат по месту своего жительства, и, если не имеет права на отсрочку от призыва (по здоровью, по учебе), то может быть призван на действительную военную службу в ходе очередной призывной компании.

От обязанности состоять на воинском учете на территории Российской Федерации ваш сын освобождается, если убудет на постоянное место жительства в другую страну, например, в Белоруссию.