Собираюсь в судебном порядке узаконить самовольную пристройку к нежилому зданию. Как считать госпошлину в данной ситуации?

Тут вопрос вы что узакониваете пристройку как самостоятельный объект недвижимости и признаёте за собой право собственности на это пристройку или сохраняете всё здание в реконструированном виде? Ну как бы иск надо видеть и исковые требования для того, чтобы понять как рассчитывать размер государственной пошлины или в 300 рублей или если есть ещё требования о признании права собственности то тогда исходя из стоимости имущества.

В одном иске я, например, указывал так - "Полагаю, что на данный момент невозможно установить цену иска, так как жилой дом не принадлежит истцам на праве собственности и не имеет кадастровой и инвентаризационной стоимости, не может быть оценён как объект недвижимого имущества, так как права на него не зарегистрированы, и он не может по указанной причине участвовать в гражданском обороте (продаваться, сдаваться в аренду, отчуждаться любым способом).

Пунктом 9 статьи 333.20 Налогового кодекса РФ установлено, что при затруднительности определения цены иска в момент его предъявления размер государственной пошлины предварительно устанавливается судьей с последующей доплатой недостающей суммы государственной пошлины на основании цены иска, определенной судом при разрешении дела, в срок, установленный подпунктом 2 пункта 1 статьи 333.18 настоящего Кодекса.

Истцы при подаче иска полагают возможным оплатить пошлину по 5000 рублей от каждого из истцов" Как-то, так. Выбор только за вами.