Вопрос о налогообложении при продаже земельного участка с домом

Г. Москва Уважаемые юристы, подскажите, пожалуйста, как быть в следующей ситуации: земельный участок вместе с садовым домиком в СНТ был куплен в 2005 году, потом на нем вместо старого домика на том же месте был построен новый дом, право собственности на новый дом зарегистрировано 11 сентября 2012 года, в свидетельстве указано что дом не жилой Получается ситуация, при которой участок более 3-х лет в собственности, а дом - менее 3-х лет. Так получилось что при продаже участка с домом в договоре купли продажи указана стоимость за участок с домом вместе, а не по отдельности, сумма от продажи менее миллиона. Тогда вроде по закону мне предоставляется имущественный вычет на дом 250000, так как он является нежилым помешением, хотя в налоговом кодексе написано что вычет в размере 1000000 предоставляется владельцам садовых домиков., А садовые домики по определению не могут быть признаны жилым помещением. Отсюда сам вопрос, с какой суммы мне платить налог или как я могу для налоговой показать что дом стоит 250000, а оставшаяся сумма это стоимость участка. Ну например прописать суммы продажи у нотариуса, соответственно вместе с покупателем, или сделать независимую оценку дома, что бы у меня был в итоге документ что сам дом стоит столько то.С момента подписания договора купли продажи прошло полтора месяца. Заранее благодарю всех откликнувшихся.