Какова ответственность генерального директора АНО и возможность подставить его главбухом при отсутствии ответственности учредителей?

Сергей, возможно всё.

По поводу ответственности, как один из примеров, (см.примечание 1) к ч. 2 ст. 201 УК РФ:

Статья 201. Злоупотребление полномочиями

1. Использование лицом, выполняющим управленческие функции в коммерческой или иной организации, своих полномочий вопреки законным интересам этой организации и в целях извлечения выгод и преимуществ для себя или других лиц либо нанесения вреда другим лицам, если это деяние повлекло причинение существенного вреда правам и законным интересам граждан или организаций либо охраняемым законом интересам общества или государства, -

наказывается штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до четырех лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до четырех лет.

2. То же деяние, повлекшее тяжкие последствия, -

наказывается штрафом в размере до одного миллиона рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до пяти лет или без такового, либо принудительными работами на срок до пяти лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо лишением свободы на срок до десяти лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет.

Примечания. 1. Выполняющим управленческие функции в коммерческой или иной организации, а также в некоммерческой организации, не являющейся государственным органом, органом местного самоуправления, государственным или муниципальным учреждением, в статьях настоящей главы, а также в статьях 199.2 и 304 настоящего Кодекса признается лицо, выполняющее функции единоличного исполнительного органа, члена совета директоров или иного коллегиального исполнительного органа, а также лицо, постоянно, временно либо по специальному полномочию выполняющее организационно-распорядительные или административно-хозяйственные функции в этих организациях.