Как изменение статуса от ИП на самозанятого влияет на медицинскую лицензию и процедурный кабинет?

Будете самозанятой. И только. Не ИП.

Физлицо вправе одновременно быть ИП и самозанятым, но оно не может совмещать налог на профессиональный доход (НПД) с другими специальными налоговыми режимами — УСН, ЕНВД и ЕСХН. То есть использовать одновременно два налоговых режима нельзя. Отказаться от спецрежимов нужно успеть в течение месяца с того дня, как ИП зарегистрировался в качестве самозанятого (ч. 4 ст. 15 Федерального закона от 27.11.2018 № 422-ФЗ).

Здравствуйте, Наиля! Пока Вы ИП, Вы имеете лицензию, с утратой этого статуса действие лицензии прекратилось бы согласно пп.2 п.13 ст.20 Федерального закона от 4 мая 2011 г. N 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности")

Действие лицензии прекращается в следующих случаях:

2) прекращение физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей

Но т.к. статус ИП сохраняется, то будете просто ИП на режиме НПД. Так что будете ИП, а "самозанятый" - это не статус, это просто обиходное название, неюридический термин. Режим НПД - это выбранный способ налогообложения согласно требованиям Федерального закона от 27 ноября 2018 г. N 422-ФЗ "О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима "Налог на профессиональный доход", статус ИП Вы сохраняете.

У Вас сохранится статус ИП, просто налоговый режим перейдёт под НПД.

Медицинская лицензия также у Вас останется и не будет аннулирована согласно ст. 20 ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности".

- см. ст. 15 ФЗ "О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима "Налог на профессиональный доход"