Нко автономная некоммерческая организация. Как можно сократить пеню для НКО?

Департаментом имущества была начислена пеня за просрочку оплаты. Мы являемся НКО, в помещении был сделан капитальный ремонт за собственный счет, есть ли возможность зачесть стоимость ремонта в стоимость арендного платежа? И сократить, или отменить пеню. При продлении договора с Департаментом имущества, можно ли изменять условия договора (т.к. предложенное условия является кабальным)? Спасибо!