Программист по профессии Х разработал компьютерную программу для ведения автоматизированного бухгалтерского учета на предприятиях.

Попробуем ответить.

Могу сказать, что не вижу таких последствий и вообще незаконности передачи прав на программу.

По норме ст.1261 ГК РФ программы для ЭВМ относятся к объектам авторских прав, согласно п.4 ст.1259 ГК РФ "для возникновения, осуществления и защиты прав на которые не требуется регистрация или соблюдение каких-либо иных формальностей".

Поэтому возникшие в связи с созданием программы ЭВМ исключительные права владелец может передать другому лицу, т.к. согласно п.1 ст. 1270 ГК РФ "правообладатель может распоряжаться исключительным правом на произведение". Такое распоряжение правом может быть оформлено договором об отчуждении исключительных прав (ст.1285 ГК РФ), по которому правообладатель передает или обязуется передать принадлежащее ему исключительное право в полном объеме приобретателю такого права. То есть, в Вашей ситуации вполне достаточно оформить договор передачи прав, не тратя время на официальную регистрацию программы.

Если же программа по желанию правообладателя зарегистрирована в Роспатенте(п.1 ст.1252 ГК РФ), то последующие действия по распоряжению правами на нее в виде отчуждения прав подлежат государственной регистрации там же, в Роспатенте, что предусмотрено нормой п.5 ст.1252 ГК РФ.

Таким образом, необходимость официальной регистрации отчуждения прав на программу для ЭВМ возникает после официальной регистрации самой программы в Роспатенте.

А уже целесообразность официальной регистрации определяет для себя каждый разработчик. Обычно в этом есть резон для урегулирования отношений между правообладателем и авторами, а также в связи с учетом программы в качестве нематериального актива для последующего использования такого актива в хозяйственной деятельности фирмы.