Прокуратура обвинила организацию в несвоевременных выплатах после заключения договора с СЦУ.

Полностью правомерна.

Трудовой договор заключен между работодателем и работником. Если работодатель привлек для расчета и выплат стороннюю организацию, это его право. Но контролировать должен он, ответственность несёт он. Может потом взыскать в порядке регресса со специализированной организации.

Статья 236 ТК РФ устанавливает, что при нарушении работодателем установленного срока выплаты заработной платы работодатель обязан выплатить ее с уплатой процентов (денежной компенсации) в размере не ниже одной сто пятидесятой действующей в это время ключевой ставки Центрального банка Российской Федерации от невыплаченных в срок сумм за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно. Размер выплачиваемой работнику денежной компенсации может быть повышен коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором. Обязанность выплаты указанной денежной компенсации возникает независимо от наличия вины работодателя.

Часть 6 статьи 5.27. Кодекса РФ об административных правонарушениях устанавливает административную ответственность за задержку зарплаты в виде предупреждения или наложения административного штрафа на должностных лиц в размере от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, - от одной тысячи до пяти тысяч рублей; на юридических лиц - от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей.