Как вернуть деньги с представительства в Москве и доказать принадлежность головной компании в Австрии?

Смотря, что Вы понимаете под представительством. Если иностранная фирма была учредителем или участником (акционеров) созданного на терр. России юридического лица по законодательству РФ, то все претензии к данному лицу. Оно самостоятельно отвечает по своим обязательствам. К участнику претензии предъявить вряд ли получиться.

Собственно представительство - это регистрация на терр. России не юридического лица иностранной компании, а самого представительства.

В соответствии с действующим законодательством РФ для того, чтобы открыть представительство иностранной компании в России, необходимо пройти процедуру стандартной аккредитации, так называемой регистрации, которая подразумевает внесение в сводный государственный реестр аккредитованных представительств иностранных компаний на территории РФ. Представительство иностранной компании в России является подразделением юридического лица, расположенного вне места нахождения этого юридического лица и может представлять интересы юридического лица и осуществлять их постоянную защиту.

Аккредитация филиалов и представительств – область компетенции Государственной регистрационной палаты Министерства юстиции Российской Федерации.

Если у вас договор с представительством в этом понимании, то за исполнением решения суда надо обращаться в компетентные суды иностранного государства для санкционирования принудительного исполнения на терр. юрисдикции иностранной компании.

Есть и еще одно понятие постоянного представительства, определяемое налоговым законодательством.

Вообщем для ответа на ваш вопрос надо смотреть дело, документы по сделке, решения судов.

Насчет ваших опасений ничего сказать не могу, т.к. все может быть. Это к астрологам.