Как заключить соглашение о сервитуте, если арендатор отказывается подписывать - возможен ли договор напрямую с муниципалитетом?

Кирилл, конечно у вас есть напрямую заключить договор с собственником, то есть муниципалитетом.

Арендатор вам вообще не нужен.

Так как в России еще никто не отменял в законе свободу договора:

ГК РФ Статья 421. Свобода договора

1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.

Понуждение к заключению договора не допускается, за исключением случаев, когда обязанность заключить договор предусмотрена настоящим Кодексом, законом или добровольно принятым обязательством.