Согласно уставу должны были внести доли 100% на момент регистрации.

Здравствуйте! По поводу исключения участника из Общества - исключить участника из Общества может только суд в соответствии со ст. 10 закона "Об ООО". Тут скорее утрата статуса участника Общества в связи с полной неуплатой доли Общества в соответствии со ст. 16 ФЗ "Об ООО". Вы уверены, что Ваши документы соответствуют п. 1 ст. 16 ФЗ "Об ООО", где сказано:

1. Каждый учредитель общества должен оплатить полностью свою долю в уставном капитале общества в течение срока, который определен договором об учреждении общества или в случае учреждения общества одним лицом решением об учреждении общества и не может превышать один год с момента государственной регистрации общества.

Заявление на выход и на основании этого - выход участника из Общества и переход доли Обществу - это совершенно другие юридические основания. Этому посвящены ст. 26 ФЗ "Об ООО".

Пусть директор сделает справку, подписанную еще и главным бухгалтером - что с такого-то по настоящее время оплата доли от такого-то не поступала ни через кассу общества, ни через банк, в общем о том, что данных об оплате доли у Общества нет. Сделайте еще список участников Общества.

Если документы соответствуют, то собираете общее собрание, где ставите в повестку дня:

1. Переход неоплаченной доли Обществу.

2. Утрата статуса участника Общества.

В протоколе подробно расписываете про то, что такой-то участник должен был оплатить такую-то долю такой-то стоимости до такого-то числа в соответствии с. п.1 ФЗ "Об ООО", данная дата установлена учредительным договором, но доля на такое-то число не оплачена, что подтверждается документом предоставленным директором Общества и в соответствии с п. 3 ст. 16 ФЗ "Об ООО" доля в таком-то размере такой-то стоимости переходит Обществу.

2. В связи с неуплатой доли в полном объеме и переходе ее в полном объеме к Обществу участник такой-то утрачивает статус участника Общества.

Все очень подробно аргументировать нужно для того, во-первых, чтобы нотариус заверил форму для налоговой, а налоговая приняла нужное Вам решение, а если не приняла обжаловать в суд Вам самим и обязать ИФНС зарегистрировать данные изменения и во-вторых чтобы в последствии, если данный участник обратится в суд и оспорит решение Общего собрания - Вы были уверены, что Вы сделали Все законно и могли предоставить все доказательства того, что переход доли Обществу был правомерен и утрата им статуса участника общества, соответственно тоже.