Имеет ли жена право выписать меня из квартиры после трех лет развода и проживания в разных местах?

Без личного заявления снятие с регистрационного учета возможно только в судебном порядке. Поскольку квартира приобретена в браке и является совместно нажитым имуществом, то Вы являетесь ее сособственником и соответственно не можете быть лишены Вашего имущества.

Здравствуйте! Полагаю, что ваша жена не может выписать вас из квартиры, т.к. ваше право на 1/2 квартиры с разводом не утрачивается, а следовательно вы такой же собственник, как и она и без вашего согласия вас никто не может выписать.

Лучше конечно, чтобы вы через суд признали право собственности на долю в квартире(на случай подстраховки).

P.S.: вы подчеркнули, что будет три года как вы развелись. К требованиям разведенных супругов о разделе имущества, нажитого ими в период брака, применяется трехлетний срок исковой давности. Причем в СК не определен момент начала течения этого срока. Отмеченный пробел в СК ставил в затруднительное положение судей, которые по-разному определяли этот момент: одни начинали отсчет со дня прекращения брака, другие - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права. Ответ на этот вопрос был дан в постановлении Пленума Верховного Суда РФ от 05.11.1998 N 15. В п. 19 этого Постановления разъясняется, что течение срока исковой давности в подобных ситуациях следует исчислять не со времени прекращения брака, а со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права (п. 1 ст. 200 ГК).