Т.е. постановка в качестве налогоплательщика НДС - это право, а не обязанность иностранного юридического лица.

К сожалению, вы не указали как действует иностранная организация на территории РФ - через свое подразделение (филиал, представительство), которое состоит на налоговом учете или на основании договора подряда с российской организацией. В зависимости от этого обстоятельства есть два варианта ответа:

1.Положения п.2 ст.144 НК РФ означают, что постановка на учет привязана к обособленному подразделению иностранной организации, непосредственно осуществляющему предпринимательскую деятельность.

Действительно в настоящее время российским законодательством не установлено специальной процедуры постановки на учет в налоговом органе таких иностранных организаций в качестве плательщиков НДС.

Однако, в силу п.2.1 Положения (Приказ МНС России от 07.04.2000 № АП-3-06/124) иностранные организации, осуществляющие деятельность в РФ в течение периода, превышающего 30 календарных дней в году, через филиалы, представительства, другие обособленные подразделения, подлежат постановке на учет в налоговых органах в каждом из мест осуществления деятельности с присвоением ИНН.

Таким образом, иностранная организация, реализующая на территории РФ облагаемые НДС работы, услуги и состоящая на учете в налоговом органе в месте осуществления деятельности своего подразделений, является плательщиком НДС, Такое подразделение должно самостоятельно рассчитывать налоговые обязательства по НДС в налоговых декларациях, представлять их в соответствующий налоговый орган и уплачивать в бюджет сумму налога, определенную в этих декларациях, по месту постановки на учет.

2. При осуществлении строительно-монтажных работ, выполняемых не зарегистрированным в налоговом органе РФ иностранным юридическим лицом на основании договора подряда (субподряда) строительства объекта недвижимости, находящегося на территории РФ, заключенного с российской организацией, НДС исчисляется, удерживается у иностранного лица и перечисляется в соответствующий бюджет российской организацией, являющей в этом случае налоговым агентом (ст. 161, п.3 ст. 166 НК РФ).

Исходя из содержания вашего вопроса, о том, что иностраннная организация состоит на учете по месту своего постоянного представительства, то к вам применим 1 случай.

С уважением,