Разве прокуратура не знала о пропуске срока исковой давности?

Приказ о введении неполного рабочего времени признан недействительным, решение суда вступило в силу в январе 2012г одним из работников. С данным приказом работники предприятия были ознакомлены под роспись в листе ознакомления с указанным приказом. Прокуратура вынесла предписание предприятию доначислить и выплатить работникам заработную плату, налоги, отчисления ПФР, так как приказ о введении неполного рабочего времени признан недействительным. Предприятие предписание прокуратуры не исполнило и другой бывший работник, подпадавший под действие этого приказа, но уже уволившийся обратился в суд с требованием доначислить и выплатить заработную плату, налоги, отчисления ПФР, так как приказ о введении неполного рабочего времени признан недействительным в июне 2012г., так как узнал о решении суда по признанию приказа незаконным и предписанию прокурату только в июне 2012г.. В суде предприятие утверждает, что работник пропустил 3-х месячный срок исковой давности ст. 392 ТК РФ, для выплаты недоначисленной заработной платы, так как с приказом бал ознакомлен под роспись в апреле 2009г. Работник утверждает, что, так как трудовые отношения уже расторгнуты, а приказ признан недействительным в январе 2012г. в соответствии со ст.11 ТК РФ его иск не подпадает по трудовые отношения и применяются нормы ГК 1102,1107 неосновательное обогащение и срок исковой давности в 3 года. Роспись в листе ознакомления не является доказательством пропуска срока исковой давности ведь речь идет не о признании приказа незаконным, а о доначислении заработной платы в связи с уже признанным ранее другим работником приказа недействительным и соответственно у работодателя пропали основания удерживать часть заработной платы из за введения неполного рабочего времени. Чья позиция соответствует закону? Или здесь общие правила ТК, приказ незаконный, значит предприятие обязано доначислить и выплатить з/п, ведь ТК не установлен пресекательный срок на выплату з/п? Есть ли практика по данному виду спора? Почему тогда прокуратура вынесла предписание доначислить и выплатить работникам з/п, несмотря на то что они были ознакомлены под роспись с приказом? Разве прокуратура не знала о пропуске срока исковой давности? И должно ли в этом случае предприятие выплачивать бывшим работникам в связи с признанием приказа незаконным если они работали во время действия данного приказа?