Возможны ли проблемы с налоговой при оплате транспортных услуг между ИП-грузоперевозчиком и партнерами?

Безусловно.

По заключенным между Вами и партнерами договорам Вы являетесь кредитором. В соответствии со ст.391 ГК РФ перевод долга допускается ТОЛЬКО с согласия кредитора. Таким образом, необходимо:

- обменяться письмами с партнером (запрос партнера о Вашем согласии получить определенные платежи от указанного третьего лица и Ваш ответ о согласии), либо

- составить с партнером двусторонний документ, в котором будет указан плательщик, а также с него платежи и выражено Ваше согласие на прием платежей от него, либо

- в идеале(особенно при длительных отношениях) - трехсторронний документ (вы, партнер, плательщик) с распределением прав, обязанностей и, главное, ответственности.

В случае, когда обязанность третьих лиц платить за Ваших пратнеров не задокументирована, налоговая имеет формальные основания:

- в налоговых целях признать полученное от третьих лиц внереализационным доходом и потребовать уплаты с него единого налога при упрощенке или налога на прибыль, если у Вас общая стистема;

- признать понесенные Вами в связи с выполнением необоснованно оплаченных третьими лицами перевозок расходы необоснованными (если Вы не на "доходной" (6 %) упрощенке).

Документировать необходимо такие вещи. Коллеги из Казани явно готовы Вам помочь.

Удачи!