Стоит ли идти на конфликт с департаментом потребительского рынка ро или это равносильно идти против государства?

Здравствуйте! У меня такая ситуация, подскажите как быть. Я открыл свою фирму специально для продажи алкоголя, до этого я был ИП. По новому з-ну в юстиции зарегистрировал договор аренды нежилого стационарного помещения 23,8 кв.м. и склада 30 кв.м. общей площадью 53,8 кв.м. Но склад не примыкает к магазину а находиться на одном земельном участке рядом с ним. На склад и на магазин имеются свидетельство на собственность. Магазин находиться в индивидуальном жилом доме, на первом этаже а склад за этим домом. При приёме документов в департаменте потребительского рынка до оплаты гос.пошлины 40 000 рублей данная ситуация про магазин и отдельно стоящий склад была мною рассказана, мне сказали, ничего в этом нет такого, идите оплачивайте гос.пошлину. Я её оплатил. Дальше интереснее... Приезжает ко мне специалист с департамента и говорит, что лицензию не даст так как магазин и склад находятся не под одной крышей. В письменном отказе мне написали отказать на основании: нарушены требования п. 6 ст. 16 Ф-го закона от 22.11.1995 №171-ФЗ, на торговом объекте отсутствуют складские помещения. В законе не написано что склад должен прилегать к магазину и находиться под одной крышей. Получается, что работники департамента мошенническими действиями путем приёма документов завладели моими деньгами и мало того, что деньги по закону нельзя вернуть, они потом сказали что государство у нас такое, оно виновато , а мы не причем. И что мне делать? Я не знаю за кем правда, судиться мне или нет, стоит ли идти на конфликт с департаментом или это равносильно идти против государства?? заранее спасибо!