Исполнитель проекта освоения лесов столкнулся с проблемой неустойки и ищет решение

Я в качестве Индивидуального предпринимателя выиграл конкурс на разработку проекта освоения лесов. В результате был приглашён 4 мая для заключения договора на оказание услуг, со своей стороны подписал оба экземпляра, числа заключения договора не было, со стороны заказчика подписи в тот день не поставили. Прошли майские праздничные дни и 10 мая мне вручили подписанный со стороны заказчика договор с датой заключения 4 мая, т.е. прошло 6 календарных дней. Срок же оказания услуг по договору составляет 70 календарных дней, т.е. до 13 июля 2012 г. В ходе полевых работ стали возникать различные неточности и несоответствия в представленной заказчиком предпроектной технической документации с реальными показателями и объёмами. В результате мною было направлено заказчику письмо о возможном нарушении сроков оказания услуги по его вине и предложено установить новый срок, через некоторое время направил следующее письмо с аналогичной просьбой. Получил ответ«…сроки исполнения заказа являются существенными условиями настоящего договора и не могут быть скорректированы, так как это нарушает процедуру закупки и нарушает права третьих лиц». После того, как закончил проект дней пять ушло на согласование с Заказчиком, в ходе которого были глупейшие придирки неконструктивного характера, затем 25 июня 2012 года проект был отправлен на экспертизу в МПР РФ в Москву через почтового курьера. Входящий номер ему присвоен только 16 июля 2012 г. В результате заключение экспертизы получено 28 ноября по почте. Ходом прохождения экспертизы я регулярно интересовался по телефону (запись разговоров имеется), но ответственного лица очень трудно застать на месте (то она в командировке, то болеет, то в отпуске), если застанешь её у телефона – в ответ бумаги на подписи у руководства, а затем вообще сказала что заключение потерялось на уровне замминистра. Обо всём этом я своевременно сообщал заказчику. 1 ноября был подписан акт сдачи-приёмки оказанных услуг, заказчик указал в нем на нарушение сроков исполнения со стороны исполнителя, т.е. меня. В конце ноября заказчик перечислил полностью деньги, а 5 января 2013 г я получил со стороны заказчика претензию о нарушении сроков исполнения и требование о добровольной уплате неустойки (1% за каждый день просрочки) за просроченный период. Вышло 266 тыс. руб, больше чем вся общая стоимость работ по договору (240 т. руб), что говорит о несоразмерности неустойки. Мои письма с указанием причин нарушения сроков исполнения по вине заказчика не принимаются во внимание, неоправданное затягивание государственной экспертизы проекта освоения лесов со стороны МПР РФ, как юридический форс-мажор заказчиком также не признаётся. В итоге я у разбитого корыта, выполнил работу за свои деньги и ещё обязан отдать неустойку. Что делать? Подавать в суд на госслужащего или МПР РФ о взыскании убытков? Но срок искового заявления на действие (бездействие) кажется уже истёк (письмо МПР от 18.10.2012, дата поступления по штемпелю 25.10.2012), или же ждать Арбитража и доказывать что я не виноват, но говорят что бесполезно, всё равно не докажешь. Пожалуйста подскажите, в перспективе возможно ли опротестовать иск в суде или же нет? Может есть альтернативный вариант или какое либо компромиссное решение этой проблемы? Спасибо.