Как вернуть изъятый загранпаспорт Украины, если его забрали ссылаясь на распоряжение Директора ФСБ?

Вы правы. Если изъятие оформлено протоколом то можно обжаловать изъятие в суде.

Вы уведомляли МВД России о наличии у вас второго гражданства. Может вам статью 330.2 УК РФ пришить захотят?

УК РФ Статья 330.2. Неисполнение обязанности по подаче уведомления о наличии у гражданина Российской Федерации гражданства (подданства) иностранного государства либо вида на жительство или иного действительного документа, подтверждающего право на его постоянное проживание в иностранном государстве

(введена Федеральным законом от 04.06.2014 N 142-ФЗ)

Неисполнение лицом установленной законодательством Российской Федерации обязанности по подаче в соответствующий территориальный орган федерального органа исполнительной власти, уполномоченного на осуществление функций по контролю и надзору в сфере миграции, уведомления о наличии у гражданина Российской Федерации гражданства (подданства) иностранного государства либо вида на жительство или иного действительного документа, подтверждающего право на его постоянное проживание в иностранном государстве, -

наказывается штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года либо обязательными работами на срок до четырехсот часов.