Помогите разобраться с последствиями! Есть 3-х этажный дом, 12 комнат на 40 мест. Земля и дом ИЖС, использовали как гостевой дом.

Здравствуйте, это может быть квалифицировано как гостиничный бизнес, а ведение такого бизнеса не предусмотрено для участков, с видом разрешённого использования ИЖС. Это будет нецелевое использование земельного участка. И могут как привлечь к административной ответственности, так и изъять участок:

Статья 285 ГК РФ Изъятие земельного участка, используемого с нарушением законодательства Российской Федерации

а также в соответствии со ст. 8.8 КоАП РФ использование земельного участка не по целевому назначению в соответствии с его принадлежностью к той или иной категории земель и (или) разрешенным использованием влечет наложение административного штрафа в случае, если определена кадастровая стоимость земельного участка, на граждан в размере от 0,5 до 1 процента кадастровой стоимости земельного участка, но не менее десяти тысяч рублей; а в случае, если не определена кадастровая стоимость земельного участка, в размере от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей.

Вам нужно изменить ВРИ, так как участок предназначен для размещения индивидуального жилого дома, а это отдельно стоящий жилой дом с количеством этажей не более чем три, предназначенный для проживания одной семьи.

Вы же собираетесь вести предпринимательскую деятельность по сдаче жилых комнат, соответственно это нарушает ВРИ ЗУ и влечет к привлечению к административной ответственности.