Примерно в 2016 году и не сделали документы кроме куплю продаже, в данный момент хотим сделать документы

Без участия собственника квартиры вы никаким образом не сможете переоформить квартиру.

Глупость некая. Как купили? И что далее?

Все что кроме перепланировки без проблем.

Подавайте и получите отказ

Штрафа не существует на, то что вовремя не зарегистрировали права собственности, а вот за незаконную перепланировку:

Для физических лиц — от 2000 до 2500 рублей. Если штраф не заплатить, повторный будет назначен в двойном размере; также нарушители могут быть арестованы на срок до 15 суток или получить обязательные работы до 50 часов.

При этом права собственности у вас не возникли и старый собственник может и не пойти с вами в мфц, а оставить за собой права собственности.

Почему примерно в 2016 году? Договор купли продажи подписывали деньги в счёт цены квартиры передавали продавцу? Продавец жив здоров? Идите с продавцом в МФЦ и сдавайте договор на регистрацию. В чём проблема?

Для регистрации сделки в мфц нужны обе стороны сделки.

Ограничение по времени подачи документов на гос регистрацию нет, штрафов соответственно тоже, но нужно найти продавца (через соседей, соц сети и т.д.). Если не найдете, то только в судебном порядке.

По перепланировке - второй вопрос; нужно смотреть в чем она заключается, т.к. не каждую перепланировку можно узаконить. Если возможно - то кроме оплаты штрафа нужно будет заказывать необходимые документы и обращаться в различные инстанции. Если ее узаконить невозможно, то кроме штрафа выпишут предписание привести квартиру в первоначальное состояние. Так что лучше заранее проконсультироваться со специалистом.

Подайте подписанный сторонами договор купли - продажи на регистрацию

Подайте подписанный сторонами договор купли - продажи на регистрацию. Если откажут - через суд.