Имеет ли право ВУЗ требовать повторную оплату за семестр при выходе из академического отпуска, если весь семестр уже был оплачен?

Не имеет, можете возражения направить через интернет-приёмную ВУЗа, если не будет результата, то в Рособрнадзор РФ.

Нет, вуз не имеет права требовать повторную оплату за уже оплаченный семестр при выходе студента из академического отпуска.

Я сдала все зачёты и экзамены за 3-й курс, была переведена на 4-й и ушла в академический отпуск.

На следующий год мне необходимо было выйти на 1,5 месяца раньше, так как для продления визы нужно быть активным студентом, а не в академе.

На 4-й курс досрочно вывести меня деканат не мог, так как не было ещё такой академической группы.

Вывели на 3-й курс, в 20-х числах июня. Иначе визовый отдел отказывался выдавать мне ходатайство.

Теперь финотдел требует от меня оплату за весь 3-й семестр, ещё и с учётом инфляции. Хотя я с июня никаких дисциплин не посещала ( их не было) и не сдавала.

Имеют ли они право требовать вторичную оплату за 3-й семестр?

Нет, ВУЗ не имеет права требовать повторную оплату за уже оплаченный семестр при выходе студента из академического отпуска.

В соответствии с абз. 3 п. 2 ст. 1, ст. 10, Федерального закона «О прокуратуре Российской Федерации», "Инструкции о порядке рассмотрения и разрешения обращений и приема заявителей в органах прокуратуры" (утв. Приказом Генпрокуратуры России от 30.01.2013 N 45) Прокуратура осуществляет надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина, а также рассматривает, проверяет, и разрешают поданные заявления, жалобы, обращения и иные сообщения о нарушении прав и свобод человека и гражданина.

А поэтому Вам следует направить жалобу в Прокуратуру, для проведения проверки за незаконные действия, превышение полномочий, самоуправство и привлечение к ответственности (ст.10 ФЗ "О прокуратуре РФ" от 17.01.1992 N 2202-1).