Правомерен ли отказ в выплате компенсации за поднаем жилья при нахождении места службы и арендованной квартиры в разных городах?

Отказ является неправомерным. Отказать смогту только в том случае, если вам было предложено жилое помещение по месту службы, а вы отказались.

Постановление Правительства РФ от 12.03.2013 N 204

"Правилами выплаты денежной компенсации за наем (поднаем) жилых помещений

2. Денежная компенсация выплачивается сотруднику, не имеющему жилого помещения по месту службы, если ему не было предоставлено жилое помещение специализированного жилищного фонда, формируемого соответственно Федеральной службой исполнения наказаний, Министерством Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Федеральной службой Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков и Федеральной таможенной службой.

3. В настоящих Правилах к членам семьи сотрудника относятся проживающие совместно с ним лица, указанные в части 2 статьи 1 Федерального закона "О социальных гарантиях сотрудникам некоторых федеральных органов исполнительной власти и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации".

4. Для получения денежной компенсации сотрудник подает рапорт на имя руководителя органа (учреждения), в котором он проходит службу, с приложением следующих документов:

а) копия договора найма (поднайма) жилого помещения, заключенного в соответствии с законодательством Российской Федерации;

б) копии документов, удостоверяющих личность сотрудника и членов его семьи;

в) документы, подтверждающие наличие либо отсутствие в собственности сотрудника и членов его семьи жилых помещений в субъекте Российской Федерации, в котором он проходит службу.

5. Копии документов, предусмотренных пунктом 4 настоящих Правил, заверяются в установленном порядке или представляются с предъявлением оригиналов.

6. Рапорт и документы, предусмотренные пунктом 4 настоящих Правил, в месячный срок рассматриваются жилищной (жилищно-бытовой) комиссией, создаваемой приказом руководителя органа (учреждения), или уполномоченным органом (его территориальным подразделением), на который одним из федеральных органов исполнительной власти, указанных в пункте 2 настоящих Правил, возложены функции по жилищному обеспечению.

7. На основании решения жилищной (жилищно-бытовой) комиссии или уполномоченного органа (его территориального подразделения), указанных в пункте 6 настоящих Правил, издается приказ руководителя органа (учреждения) о выплате денежной компенсации, в котором указывается размер денежной компенсации.

8. Денежная компенсация выплачивается по месту службы сотрудника за истекший месяц одновременно с выплатой денежного довольствия за текущий месяц.

9. Выплата денежной компенсации производится со дня найма (поднайма) жилого помещения по день утраты сотрудником права на ее получение. Основанием для прекращения выплаты денежной компенсации является приказ руководителя органа (учреждения).

10. В случае возникновения обстоятельств, влекущих прекращение права на получение денежной компенсации или права на ее получение в повышенном размере, сотрудник обязан в 10-дневный срок уведомить об этом руководителя органа (учреждения).