Осуждённые по статье 209 ук РФ часть 2 я, действительно должен отбывать наказание не менее 1000 км от дома?

Не то, чтобы точно 1000 км., но далеко от дома.

УИК РФ Статья 73. Места отбывания лишения свободы

Часть 1. Осужденные к лишению свободы, кроме указанных в части четвертой настоящей статьи, отбывают наказание в исправительных учреждениях в пределах территории субъекта Российской Федерации, в котором они проживали или были осуждены.

Часть 4. Осужденные за преступления, предусмотренные статьей 126, частями второй и третьей статьи 127.1, статьями 205 - 206, 208 - 211, 275, 277 - 279, 281, частями первой, первой.1 и третьей статьи 282.1, частями первой, первой.1 и третьей статьи 282.2, статьей 317, частью третьей статьи 321, частью второй статьи 360 и статьей 361 Уголовного кодекса Российской Федерации, осужденные за иные преступления, в отношении которых имеется информация об их приверженности идеологии терроризма, исповедовании, пропаганде или распространении ими такой идеологии (при отсутствии достаточных данных для решения вопроса о возбуждении уголовного дела) и оказании ими в связи с этим в период содержания под стражей, отбывания наказания соответствующего негативного воздействия на других обвиняемых (подозреваемых), осужденных, осужденные при особо опасном рецидиве преступлений, осужденные к пожизненному лишению свободы, осужденные к отбыванию лишения свободы в тюрьме, осужденные, которым смертная казнь в порядке помилования заменена лишением свободы, направляются для отбывания наказания в соответствующие исправительные учреждения, расположенные в местах, определяемых федеральным органом уголовно-исполнительной системы.

То есть в регионе проживания вам наказание не отбывать, в любом случае.