Изменение размера северной надбавки для работников ФСИН - законно ли?

То, что вам объясняют незаконно.

Возможно вас хотят ввести в заблуждение.

Читаем:

3. Периоды военной службы, службы и трудовой деятельности военнослужащего (сотрудника) в районе (местности) (далее - стаж), дающие право на установление процентной надбавки, суммируются независимо от продолжительности перерыва между ними.

Постановление Правительства РФ от 30.12.2011 N 1237 (ред. от 06.03.2013) "О размерах коэффициентов и процентных надбавок и порядке их применения для расчета денежного довольствия военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, и сотрудников некоторых федеральных органов исполнительной власти, проходящих военную службу (службу) в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, а также в других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиями, в том числе отдаленных местностях, высокогорных районах, пустынных и безводных местностях" (вместе с "Правилами применения коэффициентов (районных, за военную службу (службу) в высокогорных районах, за военную службу (службу) в пустынных и безводных местностях) и процентных надбавок к денежному довольствию военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, и сотрудников органов внутренних дел Российской Федерации, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, федеральной противопожарной службы Государственной противопожарной службы, органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ и таможенных органов Российской Федерации, проходящих военную службу (службу) в районах Крайнего Севера, приравненных к ним местностях, а также в других местностях с неблагоприятными климатическими или экологическими условиям, в том числе отдаленных местностях, высокогорных районах, пустынных и безводных местностях") {КонсультантПлюс}