Как оформить аренду нежилого помещения на долгосрочной основе и надстроить второй этаж - риски и необходимые договоры.

Арендодатель вправе устанавливать сроки на которые предоставляет недвижимое имущество в аренду. если вас эти сроки не устраивают вы вправе отказаться от заключения договора аренды.

Согласно ст. 611 ГК РФ

Арендодатель обязан предоставить арендатору имущество в состоянии, соответствующем условиям договора аренды и назначению имущества.

 2. Имущество сдается в аренду вместе со всеми его принадлежностями и относящимися к нему документами (техническим паспортом, сертификатом качества и т.п.), если иное не предусмотрено договором.

 Если такие принадлежности и документы переданы не были, однако без них арендатор не может пользоваться имуществом в соответствии с его назначением либо в значительной степени лишается того, на что был вправе рассчитывать при заключении договора, он может потребовать предоставления ему арендодателем таких принадлежностей и документов или расторжения договора, а также возмещения убытков.

Также в силу ст. 616 ГК РФ Арендодатель должен производить капитальный ремонт переданного в аренду имущества, если иное не предусмотрено договором.

Если это условие будет в договоре арныд, то капитальный ремонт должны будете производить вы.

Без согласия собственника здания вы не сможете произвести строительство 2 этажа и оформить его в свою собственность.

Ваш вопрос "с каких договоров следует начинать" не совсем понятен. В вашем случае вы можете заключить только договор аренды на эти помещения.

По общему правилу, установленному в ст.616 ГК РФ, капитальный ремонт переданного в аренду имущества, если иное не предусмотрено договором аренды обязан производить за свой счет арендодатель. Однако, договором может быть предусмотрено что это обязан делать арендатор. Собственник вправе как заключить с Вами договор аренды, так и не заключать на условиях, которые ему не выгодны. Надстроить этаж над зданием собственника Вы можете только с его разрешения, но договор аренды здесь не причем, договор аренды заключается с целью предоставить Вам определенное помещение во владение и пользование, а не для надстройки этажа. Более того, в соовтетствии со ст.623 ГК РФ в случае, когда арендатор произвел за счет собственных средств и с согласия арендодателя улучшения арендованного имущества, не отделимые без вреда для имущества, арендатор имеет право после прекращения договора на возмещение стоимости этих улучшений, если иное не предусмотрено договором аренды.Стоимость неотделимых улучшений арендованного имущества, произведенных арендатором без согласия арендодателя, возмещению не подлежит. Из указанных норм следует, что право собственности на не отделимые улучшения Вы автоматически не приобретаете, а имеете право только на возмещение их стоимости, если они были проведены с согласия арендодателя.

Меня больше интересует механизм оформления надстроенного нежилого помещения на 2-ом этаже в мою собственность.