Является ли это основанием для доначисления 6% с продажи как налог УСН по ИП

Не является, как Вы правильно указали доход как ИП Вы не получаете. Кроме этого, в Минфине России не возражают против обложения НДФЛ и применения имущественных вычетов в отношении доходов, полученных от продажи предпринимателями недвижимого имущества, не использовавшегося в целях осуществления предпринимательской деятельности. Как считают специалисты финансового ведомства, это возможно, если предприниматель при регистрации не указывал виды деятельности, связанные с продажей собственного недвижимого имущества (Письма от 28.01.2013 N 03-04-05/3-70, от 21.01.2013 N 03-04-05/3-46, от 15.01.2013 N 03-04-05/3-24). Поэтому, если помещение было в собственности более 3-х лет применяйте налоговый вычет.

В соответствии с п. 1 ст. 346.15 Кодекса налогоплательщики - индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, при определении объекта налогообложения учитывают доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 Кодекса, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 Кодекса.

При этом в соответствии с п. 1 ст. 2 Гражданского кодекса Российской Федерации под предпринимательской деятельностью понимается самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.

Таким образом, доходы от деятельности, подпадающей под вид деятельности, указанный индивидуальным предпринимателем при регистрации, признаются доходами, полученными от осуществления предпринимательской деятельности.

Соответственно, в случае если земельные участки и недвижимое имущество использовались в предпринимательской деятельности или если индивидуальный предприниматель при регистрации заявил такие виды деятельности, как продажа собственных земельных участков и недвижимого имущества, то доходы от такой продажи учитываются в составе доходов при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения. Если индивидуальный предприниматель применяет упрощенную систему налогообложения с объектом в виде доходов, то в отношении полученных доходов применяется налоговая ставка в размере 6 процентов.

Доходы, полученные от реализации земельных участков и недвижимого имущества, которые не использовались индивидуальным предпринимателем в целях осуществления предпринимательской деятельности, в том числе если индивидуальным предпринимателем не указывались при регистрации виды деятельности, связанные с продажей собственных земельных участков и недвижимого имущества, подлежат обложению налогом на доходы физических лиц в порядке, установленном гл. 23 "Налог на доходы физических лиц" Кодекса.

Согласно п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

При этом согласно абз. 2 п. 17.1 ст. 217 Кодекса положения указанного пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности.

Недвижимость коммерческая и в видах деятельности ИП не указана продажа собственного имущества. Правомерно ли начисление 6% с продажи в данном случае? (ведь дохода не было с данного помещения)

Еще одно уточнение: по договорам аренды как ип я получала доход за другие помещения, а по договору ссуды - нет. Вот этот момент является ли доказательством для налоговой что проданное помещение использовалось в предпринимательской деятельности?