И насколько я знаю в должностной инструкции ничего такого не прописано...

Начальник имеет такое право при определенных обстоятельствах.

Для того чтобы Ваш знакомый возместил ущерб необходимо чтобы работодатель доказал размер причиненного ущерба (ст.232 ТК РФ) который был вызван виновным противоправным поведением сотрудника (а не недостатками организации охраны - возможно охрана организована настолько бестолково что работник и не мог предотвратить кражу). Кроме того, если в трудовых отношениях не оговорена полная материальная ответственность, то работник возмещает ущерб только в пределах своего месячного заработка (ст.241 ТК РФ).

Случаи полной материальной ответственности установлены ст. 243:

Материальная ответственность в полном размере причиненного ущерба возлагается на работника в следующих случаях:

1) когда в соответствии с настоящим Кодексом или иными федеральными законами на работника возложена материальная ответственность в полном размере за ущерб, причиненный работодателю при исполнении работником трудовых обязанностей;

2) недостачи ценностей, вверенных ему на основании специального письменного договора или полученных им по разовому документу;

3) умышленного причинения ущерба;

4) причинения ущерба в состоянии алкогольного, наркотического или токсического опьянения;

5) причинения ущерба в результате преступных действий работника, установленных приговором суда;

6) причинения ущерба в результате административного проступка, если таковой установлен соответствующим государственным органом;

7) разглашения сведений, составляющих охраняемую законом тайну (служебную, коммерческую или иную), в случаях, предусмотренных федеральными законами;

8) причинения ущерба не при исполнении работником трудовых обязанностей.

Кроме того с работником должен был быть заключен письменный договор о полной материальной ответственности (ст. 244 ТК РФ)

Так же работодатель обязан (ст. 247) устанавливать размер причиненного ему ущерба и причину его возникновения:

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.

Истребование от работника объяснения в письменной форме для установления причины возникновения ущерба является обязательным.

Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.