Начисление персонального коэффициента на занимаемую ставку по совместительству - какую сумму учитывать?

Не забывайте, что работа по совместительству - это работа в свободное от основной работы время (за пределами рабочего дня), т.е. врач отработав по основной ставке работает еще половину рабочего дня по совместительству (ст. 60.1 Трудового кодекса РФ). Я глубоко сомневаюсь, что врачи способны длительно работать в таком режиме и полагаю, что Вы подразумеваете все же не совместительство (ст.60.1 ТК РФ), а совмещение (ст.60.2 ТК РФ). При совмещении работник в течении основного рабочего дня выполняет дополнительную работу за плату, которая устанавливается соглашением сторон трудового договора (ст.151 ТК РФ).

Если же все есть подобные переработки, то имейте ввиду, что согласно Приказа Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 28 августа 2008 г. N 463н "О введении новой системы оплаты труда работников федеральных бюджетных научных учреждений, имеющих в составе клинические подразделения, подведомственных Министерству здравоохранения и социального развития Российской Федерации"

2.6. Персональный повышающий коэффициент к окладу может быть установлен работнику с учетом уровня его профессиональной подготовки, сложности или важности выполняемой работы, степени самостоятельности и ответственности при выполнении поставленных задач и других факторов.

При этом должностной оклад работника установлен в трудовом договоре, а значит Вам необходимо использовать оклад, указанный работнику в трудовом договоре.