Из налоговой пришло извещение, что у меня не доплата по налогу.

К сожалению в вашем вопросе мало информации для конкретных советов. Не достаточно ясно, были ли фактически заемные отношения? Имеет значение какие расписки вы имеете. И почему расписки, если заем вам выдавала организация. Должны быть кассовые документы: квитанция к приходному кассовому ордеру, если возврат был наличными или соответствующий банковский документ - если в безналичной форме. Т.е. непонятно кому вы возвращали заемные деньги.Если, как вы указываете, не было материальной выгоды, то следует предположить, что организация не оформила эту выплату как заем, а подала сведения в налоговую как о выплатах, связанных с трудовой или иной деятельностью.Отсюда и сумма налога. Есть еще вариант, что организация не оформила возврат и вся сумма включена в ваш облагаемый доход. Поэтому я и спрашивал про расписки. Однако уточните с материальной выгодой, она облагается по ставке 35% и если организация не могла его удержать в связи с вашим увольнением, то налог с выгоды обязаны уплатить вы самостояиельно. Кроме того, вам необходимо иметь документы о заключении договора займа с организацией (договор). Если у вас есть все указанные доказательства, то вы вправе обжаловать в суд требование налоговой об уплате налога и пени или дождаться пока налоговая подаст в суд и представить свои доказательства. Через суд вы можете затребовать от организации доказательства, которых у вас нет, или привлечь свидетелей в крайнем случае.

С уважением,