Мать отправилась на пенсию, но начальник не производил отчисления в пенсионный фонд в течение 3 лет - что делать?

Во-первых, Вы можете в судебном порядке заявить иск о взыскании с работодателя страховых взносов для перечисления в государственные фонды. После взыскания взносов вопрос об исключении данного периода из страхового стажа отпадет.

А кроме того в соответствии с Постановлением Конституционного Суда РФ от 10.07.2007 N 9-П положения пункта 1 статьи 10 Федеральный закон от 17.12.2001 N 173-ФЗ "О трудовых пенсиях в Российской Федерации" признаны противоречащими Конституции РФ в той мере, в какой они позволяют не включать периоды работы, за которые не были уплачены полностью или в части страховые взносы, в страховой стаж, учитываемый при определении права на трудовую пенсию и снижать при назначении (перерасчете) трудовой пенсии размер ее страховой части.

Впредь до установления федеральным законодателем соответствующего правового регулирования Конституционным Судом РФ установлен "правовой механизм" реализации пенсионных прав указанной категории граждан:

Впредь до установления законодателем соответствующего правового регулирования - исходя из принципа непосредственного действия "Конституции" Российской Федерации и с учетом особенностей отношений между государством и Пенсионным фондом Российской Федерации и между государством, страхователями и застрахованными лицами - право застрахованных лиц, работавших по трудовому договору, на получение трудовой пенсии с учетом предшествовавшей ее назначению (перерасчету) трудовой деятельности при неуплате или ненадлежащей уплате их страхователями (работодателями) страховых взносов в Пенсионный фонд Российской Федерации должно обеспечиваться государством в порядке исполнения за страхователя обязанности по перечислению Пенсионному фонду Российской Федерации необходимых средств в пользу тех застрахованных лиц, которым назначается трудовая пенсия (производится ее перерасчет), за счет средств федерального бюджета.

Таким образом, право матери на льготы из-за недобросовестного поведения работодателя не должно быть нарушено и она имеет право обжаловать отказ государственного органа в судебном порядке (но не исключаю, что суд будет длительным)