Говорит, что ей надо было отказаться от своей доли в течение полугода после смерти отца, а завещание на меня не распространяется.

Уважаемый Пётр! Согласно ч.2 ст.1157 ГК РФ наследник вправе отказаться от наследства в течение срока, установленного для принятия наследства (статья 1154ГК РФ-6-ти месячный срок), в том числе в случае, когда он уже принял наследство.

Если наследник совершил действия, свидетельствующие о фактическом принятии наследства (пункт 2 статьи 1153ГК РФ-получил какие-либо вещи умершего в 6-ти месячный срок или поселился в квартире, оплачивал расходы по содержанию квартиры, производил ремонт и. т. п), суд может по заявлению этого наследника признать его отказавшимся от наследства и по истечении установленного срока, если найдет причины пропуска срока уважительными. Если заявление об отказе от наследства в Вашу пользу подано по истечении 6 мес. со дня смерти наследодателя и нотариус не принимает отказ от наследства по завещанию, то вопрос нужно решать в судебном порядке. В противном случае наследование будет происходить по закону, а согласно ч.3 ст.1158 ГК РФ отказаться от наследования части имущества невозможно, если наследование происходит по одному основанию(в данном случае для жены умершего только по закону).Если жена отца претендует в этом случае на вклад, то долю в квартире тоже получит.Если Ваш сын подал отказ от наследования по завещанию, то его нельзя взять обратно(ч.3 ст.1157 ГК РФ). Таким образом, если не хотите осуществлять сделку с вдовой отца, а возможно ей не доверяете, то сыну нужно доказывать через суд уважительность причины пропуска 6-ти месячного срока при подаче отказа от принятия наследства по завещанию в Вашу пользу. Помните, что если вдове умершего есть 55 лет или она имеет инвалидность, то она может оспаривать завещание частично, т.к имеет право на обязательную долю в наследстве(ст.1149 ГК РФ), которую она может требовать, если размер вклада не обеспечивает получения обязательной доли, размер которой зависит от времени удостоверения отцом завещания(до 1 марта 2002г. или позднее), а согласно ст.1158 ГК РФ отказаться от обязательной доли в наследстве нельзя. С учётом изложенного Вам судить допустила ли нотариус ошибку или нет. Отказ нотариуса в совершении нотариального действия можно в 10-дневный срок обжаловать в суд(ст.310-312 ГПК РФ).