Возникла проблема с применением налогообложения ЕНВД - заявление не было подано в установленной форме в 2009 году

Всё зависит от того когда Вы подавали заявление на ЕНВД. Приказом Федеральной налоговой службы Российской Федерации от 14 января 2009 г. N ММ-7-6/5@, вступившем в силу с 28.03.2009 г. были утверждены ФОРМ ЗАЯВЛЕНИЙ О ПОСТАНОВКЕ НА УЧЕТ И СНЯТИИ С УЧЕТА ОРГАНИЗАЦИЙ И ИНДИВИДУАЛЬНЫХ ПРЕДПРИНИМАТЕЛЕЙ В КАЧЕСТВЕ НАЛОГОПЛАТЕЛЬЩИКОВ ЕДИНОГО НАЛОГА НА ВМЕНЕННЫЙ ДОХОД ДЛЯ ОТДЕЛЬНЫХ ВИДОВ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ, в том числе и форма N ЕНВД-1 "Заявление о постановке на учет организации в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности". Поэтому если, подавали заявление в произвольной форме после 28 марта 2009 г., то оно должно было соответствовать форме утвержденной этим приказом, а не быть по произвольной форме.Особенно учитывая, что пунктом 3 статьи 346.28 НК РФ (в редации действовашей на тот период) был определен порядок подачи заявлений плательщиков ЕНВД в налоговый орган и в указанной статье было закреплено, что форма заявления о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога и форма заявления организации или индивидуального предпринимателя о снятии с учета в качестве налогоплательщика единого налога в связи с прекращением предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Поэтому Ваше заявление в принципе могли счесть как ненадлежащее.

То что касается штрафа, то нужно видеть за что и какой штраф будут налагать (если будут) и смотреть его законность.