Отказали в выплате защитившему диссертацию сотруднику - насколько законен такой отказ и какие аргументы могут быть использованы?

На Ваши правоотношения с ВУЗом в данном случае распространялся недействующий сегодня Федеральный закон от 22 августа 1996 г. N 125-ФЗ "О высшем и послевузовском профессиональном образовании", который устанавливал

5. Научно-педагогическим работникам высших учебных заведений устанавливаются надбавки к должностным окладам (ставкам) в размере:

3000 рублей за ученую степень кандидата наук;

При этом в соответствии со ст.7 указанного закона:

5. Гражданам, получившим послевузовское профессиональное образование в аспирантуре (адъюнктуре) или докторантуре и защитившим квалификационную работу (диссертацию на соискание ученой степени кандидата наук или диссертацию на соискание ученой степени доктора наук, по совокупности научных работ), присваивается ученая степень и выдается соответствующий документ государственного образца об ученой степени (диплом кандидата наук или диплом доктора наук).

Исходя из формулировок закона Вы имеете право на надбавку со дня присвоения Вам ученой степени, а не с выдачей диплома. Поэтому Вам надлежит обратится в суд с исковым заявлением о взыскании с ВУЗа невыплаченной надбавки, а если Вам откажут в связи с пропуском срока для обращения в суд, можете написать жалобу в инспекцию труда