Как объяснить минимальную налоговую нагрузку на предприятии за 9 мес. 2013 г.

Вам нужно документально обосновать это.

Вряд ли что-то получится

Одним из критериев, по которым налоговые органы осуществляют мониторинг организаций для составления плана выездных налоговых проверок, является налоговая нагрузка, когда она у данного налогоплательщика ниже ее среднего уровня по хозяйствующим субъектам в конкретной отрасли (виду экономической деятельности). Данный критерий применяется только для организаций, использующих общий режим налогообложения.

Здравствуйте!

Так и объясняйте, что низкая налоговая нагрузка связана с отсутствием клиентов за определенный период времени

В соответствии с п. 7 ст. 3 Налогового кодекса РФ все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика (плательщика сборов).

Как предусмотрено Концепцией системы планирования выездных налоговых проверок, утвержденной Приказом ФНС России от 30.05.2007 N ММ-3-06/333@, общедоступным критерием самостоятельной оценки рисков для налогоплательщиков, используемым налоговыми органами в процессе отбора объектов для проведения выездных налоговых проверок, может являться, в частности, то, что налоговая нагрузка у данного налогоплательщика ниже ее среднего уровня по хозяйствующим субъектам в конкретной отрасли (виду экономической деятельности).

Все зависит от того какую деятельность Вы осуществляете и других факторов.