Возможен ли отказ в выделении одной комнаты, если через суд определяется порядок пользования квартирой при наличии другого жилья в собственности?

зависит от ваших требований. но право вы имеете

Согласно пункту 1 статьи 247 Гражданского кодекса РФ, владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия - в порядке, устанавливаемом судом.

При этом, как разъяснено в пункте 37 Постановления Пленума Верховного Суда РФ и Высшего Арбитражного Суда РФ № 6/8 от 01.07.1996 г., суд учитывает фактически сложившийся порядок пользования имуществом, который может точно не соответствовать долям в праве общей собственности, нуждаемость каждого из сособственников в этом имуществе и реальную возможность совместного пользования.

Отсюда, суд при рассмотрении спора , будет учитывать все обстоятельства дела, фактически сложившийся к моменту предъявления иска порядок пользования жильем всеми собственниками, Вашу реальную нуждаемость в отдельной комнате, которая, кстати, может быть и не изолированной (на этот счет есть другое разъяснение, а именно - подпункт "б" пункта 6 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 10.06.1980 г. № 4), возможность совместного проживания всех сособственников в этом жилом помещении и другие обстоятельства, которые сочтет заслуживающими внимания. Решение может быть и таким, и таким, как говориться, здесь у суда большая возможность усмотрения. Но надо работать над своими требованиями и, прежде всего, доказать, что предлагаемый Вами порядок пользования соответствует как Вашим интересам, так и интересам других сособственников или, по крайней мере, не нарушает их.

Если не договоритесь сами,то в судебном порядке можно определить порядок пользования.