Роман столкнулся с проблемами оплаты патента и НДС - что делать в такой ситуации?

Да Вам придется использовать общий режим налогообложения

Статья 346.45. Порядок и условия начала и прекращения применения патентной системы налогообложения

6. Налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения с начала налогового периода, на который ему был выдан патент в случае:

1) если с начала календарного года доходы налогоплательщика от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса, по всем видам предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения, превысили 60 млн. рублей;

2) если в течение налогового периода налогоплательщиком было допущено несоответствие требованию, установленному пунктом 5 статьи 346.43 настоящего Кодекса;

3) если налогоплательщиком не был уплачен налог в сроки, установленные пунктом 2 статьи 346.51 настоящего Кодекса.

В случае, если налогоплательщик применяет одновременно патентную систему налогообложения и упрощенную систему налогообложения, при определении величины доходов от реализации для целей соблюдения ограничения, установленного настоящим пунктом, учитываются доходы по обоим указанным специальным налоговым режимам.

Роман, к сожалению для Вас Вам сказали правильно. Таков закон. Более подробно можете почитать тут.

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО

от 23 сентября 2013 г. N 03-11-09/39224

В связи с письмом Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики сообщает следующее.

Согласно п. 2 ст. 346.44 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) переход на патентную систему налогообложения или возврат к иным режимам налогообложения индивидуальными предпринимателями осуществляется добровольно в порядке, установленном гл. 26.5 Кодекса. Подпунктом 3 п. 6 ст. 346.45 Кодекса установлено, что налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, в случае, если налогоплательщиком не был уплачен налог в сроки, установленные п. 2 ст. 346.51 Кодекса.

Таким образом, если индивидуальный предприниматель получил патент на период с 01.01.2013 по 30.06.2013, но в течение данного налогового периода им было допущено нарушение срока уплаты налога, данный индивидуальный предприниматель считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения с 01.01.2013.

В соответствии с п. 8 ст. 346.45 Кодекса индивидуальный предприниматель обязан заявить в налоговый орган об утрате права на применение патентной системы налогообложения по основаниям, указанным в п. 6 ст. 346.45 Кодекса, и о переходе на общий режим налогообложения в течение 10 календарных дней со дня наступления обстоятельства, являющегося основанием для утраты права на применение патентной системы налогообложения.

Согласно п. 7 ст. 346.45 Кодекса суммы налогов, подлежащие уплате в соответствии с общим режимом налогообложения за период, в котором индивидуальный предприниматель утратил право на применение патентной системы налогообложения, исчисляются и уплачиваются индивидуальным предпринимателем в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о налогах и сборах для вновь зарегистрированных индивидуальных предпринимателей. Указанный индивидуальный предприниматель не уплачивает пени в случае несвоевременной уплаты авансовых платежей по налогам, подлежащим уплате в соответствии с общим режимом налогообложения в течение того периода, на который был выдан патент.

Учитывая изложенное, если индивидуальный предприниматель утратил право на применение патентной системы налогообложения по основанию, предусмотренному п. 6 ст. 346.45 Кодекса, такой предприниматель за налоговый период, в котором им применялась патентная система налогообложения (в рассматриваемом случае с 01.01.2013 до даты подачи заявления об утрате права на применение данного специального налогового режима), обязан уплатить налоги в рамках общего режима налогообложения, от которых он был освобожден в соответствии с п. п. 10 и 11 ст. 346.43 Кодекса.

Индивидуальный предприниматель, являющийся налогоплательщиком патентной системы налогообложения, но в установленный срок не уплативший налог и в установленный срок не подавший заявление об утрате права на применение данного специального налогового режима, подлежит снятию с учета в налоговом органе в качестве налогоплательщика, применяющего патентную систему налогообложения, с календарного дня, следующего за календарным днем, в котором истек срок уплаты суммы налога, предусмотренный п. 2 ст. 346.51 Кодекса.